肉用牛の特例を適用する場合、＜医療費控除明細書【内訳書】＞の「所得金額の合計額Ｄ」と、
＜確定申告書 第一表＞の「所得金額の合計⑫」の欄は不一致となりますが問題ございません。
国税庁の「肉用牛の売却による事業（農業）所得の課税の特例を適用がある方の記載例」に以下の内容があります。
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《肉用牛の売却による事業（農業）所得の課税の特例を受ける場合の所得金額について》
○ 肉用牛の売却による事業（農業）所得の課税の特例の適用により、所得税の免税の対象となった 所得金額については、医療費控除の控除額の計算などの基礎となる所得金額から除かれるものでは ありませんのでご注意ください。
（参考）https://www.nta.go.jp/taxes/shiraberu/shinkoku/kisairei/2018/pdf/013.pdf |
よって、「添付資料」→「肉用牛の売却による所得の税額計算書」をご入力されている場合、「所得金額の合計額Ｄ」は肉用牛の売却による所得を控除する前の金額となり、「所得金額の合計⑫」の欄は肉用牛の売却による所得を控除した後の金額となり一致しません。