平成２８年３月３１日に所得税法施行令の一部を改正する政令が公布され、電車やバスなどの交通機関を使用している給与所得者に支給する通勤手当の非課税限度額が引き上げられました。 この改正は、平成２８年４月１日に施行され、平成２８年１月１日以後に支払われるべき通勤手当（同日以前に支払われるべき通勤手当の差額として追加支給するものは除きます。）について適用されます。
なお制度改正についての詳細は、国税庁ホームページ、または所轄の税務署にお問い合わせくださいますようお願い申し上げます。
国税庁ホームページ『通勤手当の非課税限度額の引上げ』
https://www.nta.go.jp/users/gensen/tsukin/pdf/01.pdf
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通勤手当のうち非課税となる1か月当たりの限度額の表 |
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交通機関、または片道の通勤距離 |
改正前 1か月当たりの限度額 |
改正後 1か月当たりの限度額 |
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電車・バス（※） |
１００，０００円 |
変更あり １５０，０００円 |
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２キロメートル未満 |
(全額課税) |
変更なし (全額課税) |
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２キロメートル以上１０キロメートル未満 |
４，２００円 |
変更なし ４，２００円 |
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１０キロメートル以上１５キロメートル未満 |
７，１００円 |
変更なし ７，１００円 |
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１５キロメートル以上２５キロメートル未満 |
１２，９００円 |
変更なし １２，９００円 |
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２５キロメートル以上３５キロメートル未満 |
１８，７００円 |
変更なし １８，７００円 |
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３５キロメートル以上４５キロメートル未満 |
２４，４００円 |
変更なし ２４，４００円 |
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４５キロメートル以上５５キロメートル未満 |
２８，０００円 |
変更なし ２８，０００円 |
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５５キロメートル以上 |
３１，６００円 |
変更なし ３１，６００円 |
※交通機関の「電車・バス」は以下を指します。
①交通機関又は有料道路を利用している人に支給する通勤手当
②交通機関を利用している人に支給する通勤用定期乗車券
③交通機関又は有料道路を利用するほか、交通用具を使用している人に支給する通勤手当や通勤用定期乗車券
※自動車や自転車などの交通用具を使用している人の片道の通勤距離別の非課税限度額は、平成２６年１０月２０日以降の改正はありません。
なお、すでに支給済みの給与については、遡っての再計算ではなく本年の年末調整にて精算することになります。
通勤手当の支払いについては、会社側の就業規則にもよりますので、あらためて就業規則等ご確認ください。
＜操作手順＞
新しい非課税限度額に一括で更新する場合は、平成２８年４月以降の給与処理月で以下の操作を行います。必ず画面上の給与処理月を非課税限度額引き上げ後の金額で通勤費を支給する月に更新してから処理を行います。
例）４月給与までは非課税限度額引き上げ前のまま支給済みで、５月給与より新非課税限度額に対応する場合は、「５月給与」へ更新してから処理を行います。
１.「給与」→「給与データ入力（台帳形式）」画面を開きます。
２．交通機関が「電車・バス」で通勤手当の非課税限度額が最新の通勤手当の非課税限度額と異なる社員がいた場合に、下のメッセージが表示されます。
（ア）［はい］ボタンを選択した場合は、給与計算対象者全員の非課税限度額が最新の非課税限度額の金額に更新されます。
例）交通機関：電車・バス
非課税限度額：１５０，０００円、通勤手当：１２０，０００円の場合
※「設定」→「社員情報設定（個別入力）」は以下のように非課税限度額が自動的に変更されます。
（イ）［いいえ］ボタンを選択した場合は、「社員情報設定」画面で設定されている修正前の非課税限度額のままになります。
例）交通機関：電車・バス
非課税限度額：１００，０００円、通勤手当：１２０，０００円の場合