インボイス発行に際し、伝票内に税抜価格と税込価格が混在する場合、
制度上「税抜」「税込」いずれかに統一して税計算を行う必要があります。
以下の例のように「税抜」と「税込」が混在している場合、どちらかに統一して入力してください。
例）１行目、２行目は税区分「税抜」、３行目「税込」で入力されている場合。
３行目も１、２行目と同じ「税抜」で統一して入力しました。
この状態で画面上の「登録」ボタンより伝票を登録してください。
※締め日に発行する請求書は得意先単位で出力するため、1得意先に対して使用する税区分も「税抜」「税込」どちらかに統一してください。
なお、インボイス制度に関する国税庁のQ&Aに、税抜価格と税込価格が混在する場合の対応についての記載があります。
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一の適格簡易請求書において、税抜価額を記載した商品と税込価額を記載 した商品が混在するような場合、いずれかに統一して「課税資産の譲渡等の税抜価額又は税込 価額を税率ごとに区分して合計した額」を記載するとともに、これに基づいて「税率ごとに区分した消費税額等」を算出して記載する必要があります。
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制度の内容について詳しくは所轄の税務署にてご確認下さい。
＜参考URL＞
インボイス制度に関するＱ＆Ａ
https://www.nta.go.jp/taxes/shiraberu/zeimokubetsu/shohi/keigenzeiritsu/pdf/qa/01-01.pdf#page=86