株式等を売却した場合は、「確定申告書」の他に「分離課税用申告書（第三表）」の作成が必要です。
第三表の入力方法について下記の操作をお試しください。
＜事前準備＞
みんなの確定申告では「株式等に係る譲渡所得等の金額の計算明細書」の作成ができません。
お手数をおかけいたしますが、国税庁のホームページより「株式等に係る譲渡所得等の金額の計算明細書」を印刷し、作成の上、下記操作をお試しください。
https://www.nta.go.jp/taxes/shiraberu/shinkoku/syotoku/pdf/r04_joto_18-1.pdf
＜操作手順＞
１．「導入」－「申告者設定」を開きます。
２．画面右側の申告種類［第三表（分離課税）あり］を選択します（青色申告をされている場合は、あわせて「青色」もチェックを入れてください）。
３．画面下の［登録］をクリックすると、下の画面が表示されます。必ず［はい］を選択し、登録内容を更新してください。
４．「申告書」－「申告書（第一表、第二表）」を開き、事業所得や不動産所得などの金額を入力します。
（ア）会計王／みんなの青色申告／農業簿記から収入金額や所得金額を出力した場合
ａ：画面中央上の［データ取込］をクリックし、収入金額や所得金額を取り込みます。
ｂ：手順５．に進みます。
（イ）会計王／みんなの青色申告／農業簿記から収入金額や所得金額を出力しない場合
ａ：ア欄をダブルクリックします。
ｂ：収入金額および所得金額画面が表示されますので、不動産所得の収入金額に25,000,000を各種所得の金額に10,000,000を入力します。
ｃ：画面右下の［次へ］をクリックします。
ｄ：画面右下の［登録］をクリックします。
ｅ：手順５．に進みます。
５．「所得から差し引かれる金額」の該当箇所を入力後、確定申告書を一旦終了します。
終了時に下のメッセージが表示されますので［このまま終了する］をクリックします。
６．「申告書」－「分離課税用申告書（第三表）」を開きます。
７．「株式等に係る譲渡所得等の金額の計算明細書（１面）」の「１ 所得金額の計算」で計算された「一般株式等の③欄」の金額をチ欄に、「上場株式等の③欄」の金額をツ欄に入力します。
８．「株式等に係る譲渡所得等の金額の計算明細書（１面）」の「１ 所得金額の計算」で計算された「一般株式等の⑪欄」の金額を71欄に、「上場株式等の⑪欄」の金額を72欄に入力します。
※未公開分の株式譲渡による所得（または損失）金額と、上場分の株式譲渡による所得（または損失）金額は通算（相殺）することができます。
＜例＞
上場分の株式譲渡による所得金額 ：2,190,550円
未公開分の株式譲渡による損失金額：△200,000円
2,190,550（上場分の株式譲渡による所得金額）－ 200,000（未公開分の損失金額） ＝ 1,990,550
→上場分の株式譲渡による所得金額（72欄）に1,990,550円を入力します。
９．88欄には課税される所得金額（80欄）に対して税率を掛けた金額を手入力してください。
※千円未満は切り捨てされます。
（ア）未公開分の株式譲渡による所得税額を計算します。
２５０，０００ × １５％ ＝ ３７，５００
（イ）上場分の株式譲渡による所得税額を計算します。
５９８，０００ × １５％ ＝ ８９，７００
（ウ）未公開分、上場分の所得税額を合計し、88欄に手入力します。
３７，５００ ＋ ８９，７００ ＝ １２７，２００
※税率に関しまして、詳しくは所轄の税務署にてご確認ください。
１０．総合所得と分離所得の合計額が、第三表の93欄と、第一表の31欄に反映され税金計算されます。