平成28年において、土地や建物を売却した場合は、「確定申告書Ｂ」の他に「分離課税用申告書（第三表）」の作成が必要です。
第三表の入力方法について下記操作をお試しください。
＜事前準備＞
みんなの確定申告＜平成28年度申告用＞では「譲渡所得の内訳書（確定申告書付表兼計算明細書）【土地・建物用】」の作成ができません。
お手数をおかけいたしますが、国税庁のホームページより「譲渡所得の内訳書（確定申告書付表兼計算明細書）【土地・建物用】」を印刷し、作成の上、下記操作をお試しください。
http://www.nta.go.jp/taxes/shiraberu/shinkoku/yoshiki/02/pdf/a029.pdf
＜操作手順＞
１．「導入」－「申告者設定」を開きます。
２．画面右側の申告種類［申告書Ｂタイプ］および［第三表（分離課税）あり］を選択します（青色申告をされている場合は、あわせて「青色」にもチェックを入れてください）。
３．画面下の［登録］をクリックすると、下の画面が表示されます。必ず［はい］を選択し、登録内容を更新してください。
４．下の画面が表示されましたら、［はい］をクリックします。
５．「申告書」－「申告書Ｂ（第一表）」が自動的に開きますので、事業所得や不動産所得などの金額を入力します。
（ア）会計王・みんなの青色申告から収入金額や所得金額を出力した場合
ａ：画面中央上の［データ取込］をクリックし、収入金額や所得金額を取り込みます。
ｂ：ア欄をダブルクリックします。
ｃ：手順６．に進みます。
（イ）会計王・みんなの青色申告から収入金額や所得金額を出力しない場合
ａ：ア欄をダブルクリックします。
ｂ：収入金額および所得金額画面が表示されますので、不動産所得の収入金額に25,000,000を各種所得の金額に10,000,000を入力します。
ｃ：手順６．に進みます。
６．画面右下の［次へ］をクリックします。
７．所得の金額（通算後）に所得の金額（通算前）と同額を入力し、画面右下の［登録］をクリックします。
８．「所得から差し引かれる金額」の該当箇所を入力後、確定申告書Ｂを一旦終了します。
終了時に下のメッセージが表示されますので［このまま終了する］をクリックします。
９．「申告書」－「分離課税用申告書（第三表）」を開き、セ欄に分離課税による収入金額（上記例では10,000,000）を、61欄には分離課税による所得金額（上記例では1,500,000）を入力します。
１０．セ欄をクリックし、画面上の［内訳］をクリックします。
１１．分離課税の短期・長期譲渡所得に関する事項に［区分］［所得の生ずる場所］［必要経費］［差引金額］を入力し、［登録］をクリックします。
１２．80欄には課税される所得金額に対して税率を掛けた金額が自動計算されていることをご確認ください。
※税率に関しまして、詳しくは所轄の税務署にてご確認ください。
１３．総合所得と分離所得の合計額が、第三表の86欄と、第一表の27欄に反映され税金計算されます。