合わない原因が複数考えられるため、以下Ａ→Ｂ→Ｃ→Ｄの順に一つずつ確認してください。
＜操作手順＞
Ａ．データの集計をかけなおします。
※以下の操作を行う前は念のため「データ管理」→「保存・復元」→「データ保存（バックアップ）」よりデータのバックアップを取っておいてください。
内部的に集計がうまくいっていない可能性があります。
「データ管理」→「ツール」→「データ再集計」を開き、〔データの再集計を行う〕にチェックを入れ［実行］ボタンをクリックしてください。
Ｂ．勘定科目と青色申告科目との対応付けを確認します。
合計残高試算表は勘定科目ごとに、青色申告決算書は青色申告決算書科目ごとに集計していますので青色申告科目の対応付けを、青色申告科目設定画面でご確認ください。
１．「初期」→「詳細」→「青色申告科目設定」を開きます。
２．画面左上の〔対応付け同時表示〕にチェックを付けます。
※「農業用/一般用/不動産用」タブは、「初期」→「基本」→「基本情報設定」画面で「○○用の申告書を提出している」にチェックを付けたものだけが表示されます。
３.「青色申告科目のコード・科目名称」（黒色の文字）の下に、内訳となる「勘定科目のコード・名称」が青色の文字で表示されます。
別の青色申告科目に反映させたい勘定科目がある場合は、「初期」→「基本」→「勘定科目設定」を開き、変更したい勘定科目の行にて、画面右の「農業用（一般用/不動産用）申告科目」の▼をクリックして青色申告科目の一覧を表示して、選択し直してください。
Ｃ．部門の設定を確認します。
農業用青色申告決算書に金額が出てこない場合、作成した部門の「所得区分」に「農業所得」以外の部門が設定されている可能性があります。
１．「初期」→「基本」→「部門設定」を開きます。
２．〔部門情報〕にチェックを入れます。
３．所得区分が『農業所得』以外の部門がないかをご確認ください。
部門設定の所得区分が『農業所得』以外の部門を使った仕訳がある場合、農業用の青色申告決算書には金額が反映されません。
もし設定を間違えてしまった場合、修正ボタンから所得区分を修正してください。
また、仕訳で共通部門の仕訳がある場合、共通部門配分を見直してください。
４．「初期」→「詳細」→「共通部門の配分」を開きます。
例：青色申告決算書（農業所得用）の「動力光熱費」の金額が一致しない場合
左枠内より「動力光熱費」を選択し、右枠内にて所得区分が『農業所得』以外の部門に配分率が設定されていないかをご確認ください。
もし全ての金額を農業用青色申告決算書に表示したい場合は、配分を設定し直してください。
※下記の例の場合は、『稲作』、『牛馬』、『果樹』、『トマト』が所得区分『農業所得』に設定されていますので、配分設定でそれ以外の部門の配分％設定は０％とします。
Ｄ．勘定科目と青色申告科目との対応付けを認識させなおします。
青色申告決算書科目が正常に認識されていない可能性がありますので、合計残高試算表と青色申告決算書の金額が合わない勘定科目の対応付けをしなおします。
例：青色申告決算書（農業所得用）の「種苗費」の金額が一致しない場合
１．「初期」→「基本」→「勘定科目設定」を開きます。
２．合計残高試算表と青色申告決算書の金額が合わない勘定科目について、青色申告科目欄をクリックし「指定なし」に変更し、次の行をクリックします（「指定なし」→＜未対応＞に変わります）。
３．手順２．にて青色申告科目欄を＜未対応＞とした科目について、再度、青色申告科目を正しく設定してください。
４．対応付けが終わりましたら「勘定科目設定」を終了します。
「申告」→「決算書」→「青色申告決算書印刷」の［プレビュー］画面より、金額が一致したかどうかをご確認ください。